Fakultet za fiziku Sveučilišta u Rijeci ima dva zavoda u sklopu kojih su organizirana znanstvena istraživanja te stručni, tehnološki i inovacijski rad:
- Zavod za eksperimentalnu i primijenjenu fiziku
- Zavod za teorijsku fiziku i astrofiziku
Na Fakultetu djeluju i dvije katedre: Katedra za edukacijsku fiziku i Katedra za znanosti o okolišu.